廢棄物產生階段為營運與製程，總公司皆為一般廢棄物，統一交由大樓管理與處理；兩廠今年度以須申報之八種事業有害/非有害廢棄物來揭露，以上皆依照奇鈦內部《廢棄物管理辦法》與《能資源管理辦法》處理。產出之廢棄物會先分類管理於廠內經主管機關核發之事業廢棄物清理計劃書所登載的地點儲存，最終委託合格專業的清運及處理業者離場處理。處置方式大致分為回收再利用、焚化及掩埋三種，每筆移轉都詳實記錄其日期、重量與車號等資訊，以便後續申報與稽查追蹤。過往針對單一特殊廢棄物的處置已在儲存區新設貨架以增加存放量，並且針對法規警示項目提出相對應的改善作為，例如增加廠內標示、更新製程使廢棄物達酸鹼中和或尋找相對積極之清運廠商等。
奇鈦針對廢棄物「減量」與「回收再利用」展開《廢棄物資源化》計畫，目前正進行的有八項專案，包括再利用廠商尋找、廢白土清洗實驗和廠內轉廢為能等專案。其中廠內轉廢為能專案，即是將廢棄物之殘渣轉化為合乎規範之固體再生燃料（Solid Recovered Fuel, SRF），SRF能提供較高的燃燒熱值與燃料效率，配合專用的鍋爐使用，未來將能取代現有燃料，發展更為綠色、環保的製程。期待透過各項創新的專案，能逐漸提高廢棄物的回收處置比例，發展新的商機。
2025年度彰濱廠化學(農化)實驗作業程序產出之廢液閃火點小於60℃（不包含乙醇體積濃度小於24%之酒類廢棄物）（C-0301）於2024年1月至2025年4月，每月均有申報廠內貯存情形資料，並於2024年1月19日委託清除處理後，直至2025年5月26日再次委託清除處理，其貯存時間已超過有害事業廢棄物1年貯存期限。違反廢棄物清理法第36條第1項，處以罰鍰新臺幣60,000元整及環境講習2小時整。已重新教育相關人員，後續清運生產製程中的有害事業廢棄物時一併將實驗室產出的廢棄物清除無須滿桶清運，以避免暫存時間過長。本案於裁處前已清運完成，未造成環境汙染，相關罰鍰及環境講習已於2025年9月30日完成結案。